La Repubblica di San Marino ha dato fin da tempi antichi cavalieri all’Ordine di Malta ed il suo territorio rientrava nei «limiti del Gran Priorato di Venezia.

Riallacciandosi alle tradizionali relazioni intercorse fra la Repubblica di San Marino e l’Ordine quando questo esercitava la sovranità sull’arcipelago maltese, nel 1935 i due Governi prendevano contatti per iniziare nuove trattative al fine di determinare ufficialmente i loro rapporti.

Questi negoziati, a cui presero parte per la Serenissima Repubblica il Nob. Avv. Filippo Gramatica di Bellagio ed il Cancelliere Balì Luigi Rangoni Machiavelli per l’Ordine, portarono alla stipula di un Concordato firmato al Palazzo Magistrale il 23 giugno 1935.

Con questo atto non solo le Alte Parti contraenti diedero inizio ad ufficiali relazioni diplomatiche, ma la Repubblica di San Marino diede disposizioni affinché una corsia dell’Ospedale della Misericordia di San Marino fosse dedicata all’Ordine; e una Cappella venisse dedicata a San Giovanni Battista.

Fu scelto l’antico Oratorio Valloni, all’inizio di Contrada Omerelli, dove fu collocata una copia della Beata Vergine di Loreto, particolarmente cara all’Ordine di Malta.

Il Gran Maestro Fra’ Ludovico Chigi Albani vi si raccolse in preghiera durante la sua visita di Stato del 2 settembre 1935 e qui si conservano le  insegne di balì gran croce assieme alla bolla magistrale di conferimento alla Serenissima Repubblica.

Sono venuti a San Marino in visita di Stato anche i gran maestri Fra’ Angelo de Mojana (1984), Fra’ Andrew Bertie (1996) e Fra’ Matthew Festing (2011).

In occasione del 5o° anniversario della stipula del Concordato, nel 1985, le Alte Parti Contraenti hanno stabilito di elevare le rispettive rappresentanze diplomatiche al rango di ambasciata. Nel 1991 è stata sottoscritta una Convenzione Postale che assicura il recapito sul territorio della Repubblica della corrispondenza spediata tramite le Poste Magistrali.

Nel 2015 è stato sottoscritto un Memorandum d’intesa fra l’Ordine di Malta e la Repubblica di San Marino che prevede che le attività di formazione, prevenzione, intervento e ripristino delle normali condizioni di vita a seguito di catastrofi naturali o particolari situazioni climatiche e atmosferiche siano concordate fra il Dipartimento Territorio e Ambiente – Servizio Protezione Civile della Repubblica di San Marino ed il CISOM – Corpo Italiano di Soccorso dell’Ordine di Malta. Nel 2021 è stato stipulato un protocollo applicativo che dà attuazione al Memorandum.

L’11 settembre 2019 ha presentato le sue lettere credenziali come nuovo Ambasciatore dell’Ordine di Malta a San Marino S.E. l’Amb. Prof. Marcello Celestini.

L’Ordine di Malta è presente a San Marino con il Gran Priorato di Lombardia e Venezia e la sua Delegazione per l’Emilia Orientale – Romagna.